Esta historia, quizás una de las más aclamadas alguna vez creadas por el grupo de mangakas japonesas llamado CLAMP, trata sobre tres chicas de secundaria que, luego de un paseo escolar a la Tokyo Tower con sus respectivos colegios, son invocadas al planeta Cephiro para cumplir una leyenda que cambiaría el destino de este mundo. Hikaru Shidou, Fuu Hououji y Umi Ryuuzaki terminan siendo transportadas a este extraño planeta donde conocen al hechicero Clef. Este les devela que son las legendarias Magic Knights, convocadas por la Princesa Emeraude, actual Pilar de Cephiro (básicamente, algo esencial para la supervivencia de todas las especies y del universo mismo). Su misión es rescatarla de las garras de Zagato, su sumo sacerdote, que la secuestró.
Las tres chicas inician así su aventura en compañía de Mokona (la típica mascota rara) para conseguir sus armas mágicas, desarrollar sus poderes, despertar a los robots Mashin -que deberán usar para luchar- y finalmente poder regresar a su casa. Pero un final impredecible, inesperado y que desestructura por completo todo lo que creían saber hasta ese momento cambia las cosas para las chicas, y da comienzo a la segunda gran saga de la historia. Un arco argumental que se sitúa un año entero después del final de la primera saga.
